O município de Alto Piquiri iniciou seu povoamento por volta de 1950. Sua primeira denominação foi Conquista, crê-se devido ao pioneirismo da época em área de floresta virgem. Algum tempo depois foi nomeada de Reconquista e finalmente de Alto Piquiri. A palavra Piquiri originou-se dos índios que habitavam o local, os Paiquerês. Como a sede se localiza no local mais alto do Vale Piquiri sua denominação final foi de Alto Piquiri. Criado através da Lei Estadual nº. 4.245 de 25 de julho de 1960 e instalado em 15 de novembro de 1961 foi desmembrado de Cruzeiro do Oeste. 

A palavra Piquiri origina-se da língua tupi-guarani e quer dizer "rio dos peixinhos". O termo "Alto" deve-se à sua localização em lugar elevado nas proximidades do Rio Piquiri, não muito longe de sua foz, não estando, portanto, nas cercanias de suas nascentes, contratariando a regra básica das denominações Alto, que se dá às cidades.

O território alto-piquiriense foi permeado por povos espanhóis, a partir do século XVII, quando os padres jesuítas da Companhia de Jesus se dispuseram a catequizar os povos indígenas que habitavam estes sertões, notadamente a região que margeia o Rio Piquiri. No entanto, esta civilização não floresceu, não restando nem ao menos ruínas da exuberante obra desenhada pelos catequistas.

A região só conheceria o progresso em meados do século XX, quando chegaram à localidade os primeiros desbravadores com interesses de colonizar as cercanias.

A primeira denominação do atual município foi Reconquista, sendo dada por um punhado de obcecados pioneiros. Estes iniciais povoadores estavam à procura do lugar ideal para plantar e colher seus sonhos, e certamente o encontraram, em Alto Piquiri.

Os primeiros moradores chegaram no ano de 1952. Dentre as famílias pioneiras destacavam-se as de Altino de Campos, Luiz Ruaro, João Marques da Silveira, Nelson Rodrigues Barbosa, João Enrique, Tadaham Kiminami, Fioravante Lucetti, Agenor Alves Bueno, Elias Volpato, João Volpato, Leonízio Volpato, João Soares, Ermínio Mário Piffer, Otaviano de Souza Freire, João Silveira Crispim, Luíz Fernandes Araújo, Benedito Fernandes de Araújo, Eutrópio Maciel de Andrade, João dos Santos e muitas outras.

O primeiro comerciante do lugar foi o senhor João Enrique; os irmãos Volpato se dedicaram ao beneficiamento da madeira; e se destacou na região a Cafeeira Alto Piquiri Ltda.

O que efetivamente atraiu este verdadeiro magote de gente,  foi a fertilidade do solo, já que na época, o café, comumente chamado de "ouro verde", foi o responsável pelo surgimento de inúmeras cidades, fazendo fortuna de muita gente.

Este fator deu lugar ao rápido crescimento econômico, permitindo que em 11 de abril de 1958, através da lei estadual nº 3.638, fosse criado o distrito, com denominação de Alto Piquiri, com território pertencente ao município de Cruzeiro do Oeste.

Pela lei nº 4.245, de 25 de julho de 1960, sancionado pelo governador Moysés Lupion, foi criado o município de Alto Piquiri, desmembrado de Cruzeiro do Oeste.

A instalação deu-se no dia 15 de novembro de 1961. O primeiro prefeito municipal, nomeado, foi o sr. Aparício Teixeira D‹Avila e o primeiro eleito, foi o sr. Nelson Rodrigues Barbosa.